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Résultat de recherche

2017

The Role of Water in the Elastic Properties of Aluminosilicate Zeolites: DFT Investigation

Bryukhanov, I. A., Rybakov, A. A., Larin, A. V., Trubnikov, D. N. & Vercauteren, D. P., 1 mars 2017, Dans : Journal of Molecular Modeling. 23, 3, 12 p., 68.

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2016

Accessing the Free Energy Profile of a Ring Closure in a Proline-Catalyzed Reaction Using a Reactive Force Field

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 2016, Dans : Theoretical Chemistry Accounts. 135, 1, p. 1-10 10 p., 16.

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A Multiscale Approach to Study the Kinetics and the Dynamics of Fluorescent Protein Complexes

Fossepre, M. F., Champagne, B. C. & Vercauteren, D. P., 2016.

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Comparison of Coarse-Grain and All-Atom Methods for the Study of µ Opioid Receptor

Angladon, M-A., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 26 avr. 2016.

Résultats de recherche: Contribution à un événement scientifique (non publié)Poster

Detailed Atomistic Modeling of Si(110) Passivation by Atomic Layer Deposition of γAl2O3: Chapitre 11

Rybakov, A., Larin, A., Vercauteren, D. P. & Zhidomirov, G. M., 2016, Practical Aspects of Computational Chemistry IV. Leszczynski, J. & Shukla, M. K. (eds.). New York: Springer, p. 303-351 48 p.

Résultats de recherche: Contribution dans un livre/un catalogue/un rapport/dans les actes d'une conférenceChapitre (revu par des pairs)

DFT Modeling of Plasma-Assisted Atomic Layer Deposition for Si(110) Passivation: Formation of Boehmite-Like Chains as γ-Al2O3 Precursors

Rybakov, A. A., Larin, A. V., Vercauteren, D. P. & Zhidomirov, G. M., 1 juin 2016, Dans : Theoretical Chemistry Accounts. 135, 6, 15 p., 152.

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Multiscale Design of Coarse-Grained Elastic Network-Based Potentials for the μ Opioid Receptor

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 1 sept. 2016, Dans : Journal of Molecular Modeling. 22, 9, 20 p., 227.

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On the Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor through Multiscale Modeling Approaches

Fossepre, M. F., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2016.

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Parameterization of the ReaxFF Reactive Force Field for a Proline-Catalyzed Aldol Reaction

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 4 sept. 2016, Dans : Journal of Computational Chemistry. 37, 29, p. 2564-2572 9 p.

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2015

A Coarse-Grained Simulation Study of the Structures, Energetics, and Dynamics of Linear and Circular DNA with Its Ions

Naome, A., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 9 juin 2015, Dans : Journal of Chemical Theory and Computation. 11, 6, p. 2813-2826 14 p.

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Formation and Structural, Energetic and Dynamic Properties of Cyclodextrin Host Tubes and Included Guest Molecules

Staelens, N., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2015, Dans : Supramolecular Chemistry. 27, p. 90-109 21 p.

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On the Modularity of the Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor: A Computational study

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 2015, Dans : PLoS ONE. 9, 12, 29 p., e115856.

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Systematic Hierarchical Coarse-Graining with the Inverse Monte Carlo Method

Lyubartsev, A. P., Naome, A., Vercauteren, D. P. & Laaksonen, A., 28 déc. 2015, Dans : The journal of chemical physics. 143, 24, 8 p., 243120.

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2014

Comparison of Reduced Point Charge Models of Proteins: Molecular Dynamics Simulations of Ubiquitin

Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2014, Dans : SCIENCE CHINA Chemistry. 57, 10, p. 1340-1354 15 p.

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Design of reduced point charge models for proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D. P., août 2014, p. COMP 373.

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Plasmon hybridization in pyramidal metamaterials: a route towards ultra-broadband absorption

Lobet, M., Lard, M., Sarrazin, M., Deparis, O. & Henrard, L., 2014, Dans : Optics Express. 22, p. 12678-12690 13 p.

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Quantum Mechanical Investigations on the Role of Neutral and Negatively Charged Enamine Intermediates in Organocatalyzed Reactions

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 15 avr. 2014, Dans : Chemical physics. 434, p. 30 - 36 7 p.

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The fundamental problem of treating light incoherence in photovoltaics and its practical consequences

Herman, A., Sarrazin, M. & Deparis, O., 15 janv. 2014, Dans : New Journal of Physics. 16, 15 p., 013022.

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2013

Rough Set Theory as an Interpretable Method for Predicting the Inhibition of Cytochrome P450 1A2 and 2D6

Burton, J., Petit, J., Danloy, E., Maggiora, G. M. & Vercauteren, D. P., 1 juil. 2013, Dans : Molecular Informatics. 32, 7, p. 579-589 11 p.

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Solar cell optimization should take into account sunlight incoherence

Herman, A., Sarrazin, M. & Deparis, O., 7 nov. 2013, Concepts for Photon Management in Solar Cells II (PW1C): Optical Nanostructures and Advanced Materials for Photovoltaics, Tucson, Arizona United States, November 3-7, 2013. 3 p.

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Theoretical Identification of Carbonate Geometry in Zeolites from IR Spectra

Larin, A. V., Rybakov, A. A., Bryukhanov, I. A., Kovalev, V. L. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 2013, Dans : Microporous and Mesoporous Materials. 173, p. 15-21 7 p.

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2012

Interuniversity Scientific Computing Facility

Vigneron, J-P., Champagne, B., Deparis, O., Henrard, L., Lambin, P., Vercauteren, D. P., Wautelet, F. & Wouters, J., 2012, Dans : Nanotechnologies. p. 173-174 2 p.

Résultats de recherche: Contribution à un journal/une revueRevue de documentation

Quantum Mechanical and ReaxFF-Based Studies of the Intramolecular Investigations on the Iminium-Enamine Conversion in a Proline Catalyzed Reaction

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2012, Abstracts of Papers of the American Chemical Society. Vol 243. p. COMP-259

Résultats de recherche: Contribution dans un livre/un catalogue/un rapport/dans les actes d'une conférenceContribution à un catalogue

Smoothed Gaussian Molecular Fields: An Evaluation of Molecular Alignment Problems

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 janv. 2012, Dans : Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling. 131, 8, p. 1259/1-16 16 p.

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2011

Absorption Spectra of Azobenzenes Simulated with Time-Dependent Density Functional Theory

Jacquemin, D., Preat, J., Perpete, E., Vercauteren, D. P., André, J-M., Ciofini, I. & Adamo, C., 2011, Dans : International Journal of Quantum Chemistry. 111, p. 4224-4240 17 p.

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Application of the Inverse Monte-Carlo Coarse-Graining Method to DNA Systems

Naome, A., Fossepre, M., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 2011, Abstracts of Papers of the American Chemical Society. Vol 241. p. COMP-284

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DFT Investigation of CO Oxidation over Mg Exchanged Periodic Zeolite Models

Rybakov, A., Larin, A., ZHIDOMIROV, G., TRUBNIKOV, D. & Vercauteren, D., 1 mars 2011, Dans : Computational and Theoretical Chemistry. 964, 1-3, p. 108-115 8 p.

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Implementation of a Protein Reduced Point Charge Model Toward Molecular Dynamics Applications

Leherte, L. & Vercauteren, D., 17 nov. 2011, Dans : Journal of physical chemistry A. 115, 45, p. 12531-12543 13 p.

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Interuniversity Scientific Computing Facility

Vigneron, J-P., Champagne, B., Deparis, O., Henrard, L., Lambin, P., Vercauteren, D. P., Wautelet, F. & Wouters, J., 2011, Dans : Nanotechnologies. p. 101-102 2 p.

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Oxide Clusters as Source of the Third Oxygen Atom for the Formation of Carbonates in Alkaline Earth Dehydrated Zeolites

Larin, A., Rybakov, A., Mace, A., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 2011, Dans : Journal of Catalysis. 281, p. 212-221 10 p.

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2010

Determination of Protein Coarse-Grain Charges from Smoothed Electron Density Distribution Functions and Molecular Electrostatic Potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2010, Handbook of Computational Chemistry Research. Collett, C. T. & Robson, C. D. (eds.). Hauppauge (NY): Nova Science Publishers, Inc., p. 153-191 39 p.

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Ion-Exchanged Binuclear Ca2Ox Clusters, X = 1 - 4, as Active Sites of Selective Oxidation Over Mor and Fau Zeolites

Larin, A., ZHIDOMIROV, G., TRUBNIKOV, D. & Vercauteren, D., 2010, Dans : J. Comput. Chem.. 31, p. 421-430 10 p.

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Molecular Dynamics Simulation of 8-Oxoguanine Containing DNA Fragments Reveals Altered Hydration and Ion Binding Patterns

Naome, A., Schyman, P., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 15 avr. 2010, Dans : Journal of physical chemistry B. 114, p. 4789-4801 13 p.

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Theoretical Modeling of Carbonate Formation in Dehydrated Alkaline Earth Zeolites

Larin, A., Rybakov, A., Zhidomirov, G. & Vercauteren, D. P., 2010, Abstracts of Papers of the American Chemical Society. Vol 239. p. FUEL-87

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2009

Coarse Point Charge Models for Proteins from Smoothed Molecular Electrostatic Potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 déc. 2009, Dans : Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 12, p. 3279-3298 20 p.

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Confinement in Molecular Sieves: The Pioneering Physical Concepts

Lucas, A., Derycke, I., Lambin, P., Vigneron, J-P., Leherte, L., Elanany, M., Andre, J-M., Larin, A. & Vercauteren, D., 15 juin 2009, Dans : Journal of Molecular Catalysis A: Chemical. 305, 1-2, p. 16-23 8 p.

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DFT Analysis of Propane Cyclization over Binuclear Ga-Clusters in Mordenite

Larin, A., ZHIDOMIROV, G., TRUBNIKOV, D. & Vercauteren, D., 2009, Dans : J. Mol. Catal. A . 305, p. 90-94 5 p.

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Fragment-Based Prediction of Cytochromes P450 2D6 and 1A2 Inhibition by Recursive Partitioning

Burton, J., Danloy, E. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 2009, Dans : SAR QSAR Environ. Res.. 20, p. 185-205 21 p.

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Ion-Exchanged Binuclear Clusters as Active Sites of Selective Oxidation over Zeolites

ZHIDOMIROV, G., Larin, A., Trubnikov, D. & Vercauteren, D., 2009, Dans : J. Phys. Chem. C. 113, p. 8258-8265 8 p.

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Quantitative Evaluation of Solvation and Packing Effects on the Visible Absorption of Anthraquinone Derivatives

Preat, J., Jacquemin, D., Burton, J., Vercauteren, D. & Perpète, E., 2009, Dans : Dyes Pigment.. 81, p. 97-102 6 p.

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Virtual Screening for Cytochromes P450: Successes of Machine Learning Filters

Burton, J., Ijjaali, I., Petitet, F., Michel, A. & Vercauteren, D., 2009, Dans : Comb. Chem. High Throughput Screen. 12, p. 369-382 14 p.

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2008

A Quantitative Prediction of the Electronic Spectra of Thiocarbonyl Chromophores: TD-DFT versus SAC-CI

Preat, J., Jacquemin, D., Vercauteren, D. & Perpète, E., 2008, Dans : Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling. 119, p. 463-468 6 p.

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Assessment of the Accuracy of TD-DFT Absorption Spectra: Substituted Benzenes

André, J-M., Jacquemin, D., Perpète, E., Vercauteren, D. & Wathelet, V., 2008, Dans : Coll. Czech. Chem. Comm.. 73, p. 898-908 11 p.

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Can Descriptors of the Electron Density Distribution Help to Distinguish Functional Groups?

Burton, J., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 oct. 2008, Dans : Journal of chemical information and modeling. 48, 10, p. 1974-1983 10 p.

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Collective Motions in Protein Structures: Applications of Elastic Network Models Built from Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 juil. 2008, Dans : Computer physics communications. 179, p. 171-180 10 p.

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