Studies of local and global properties of interactome networks

Résumé

Les approches génétiques classiques ont permis l’attribution de descripteurs fonctionels à des milliers de gènes pour de nombreuses espèces. Cependant, l’identification de toutes les relations génotype-phénotype représente toujours un défi de taille, particulièrement parce qu’il apparait clair que rarement un gène est-il responsable d’une seule fonction biologique. L’hypothèse centrale de la biologie des systèmes propose que des réseaux denses et complexes, composés de gènes et macromolécules en interactions, ou interactomes, sous-tendent les fonctions cellulaires. Nous décrivons nos travaux pour établir, de manière expérimentale et systématique, à l’échelle du protéome entier, la première carte de l’interactome d’une plante. Nous démontrons, grâce à un cadre empirique structuré, que l’ensemble des données résultant est de qualité équivalente aux interactions bien documentées de la litérature. Nous décrivons ensuite une stratégie expérimentale basée sur des référentiels d’interactions, pour standardiser les méthodes de controle de qualité des données d’interactomes binaires. Enfin, nous explorons trois types d’altérations de réseaux qui peuvent permettre une meilleure compréhension du fonctionnement des interactomes et ainsi permettre l’établissement de relations génotype-phénotype: (1) ingénierie de perturbation d’interactions spécifiques, (2) perturbations naturelles par des pathogènes, et (3) remaniement d’interactions à l’échelle de l’évolution. Nous démontrons que des phénotypes spécifiques peuvent être associés à des pertes d’interactions spécifiques.

la date de réponse	31 mai 2011
langue originale	Français
L'institution diplômante	Universite de Namur
Superviseur	Jean VANDENHAUTE (Promoteur), Marc Vidal (Copromoteur), Thierry Arnould (Président), PO Vidalain (Jury) & Jan TAVERNIER (Jury)