Sélection assistée par marqueurs chez Cichorium intybus L. : recherche de marqueurs moléculaires ciblant les gènes de floraison

Résumé

La chicorée industrielle (Cichorium intuybus L.) est une plante bisannuelle qui nécessite une exposition au froid et à de longues photopériodes pour atteindre sa phase reproductive. Cependant, dans certaines conditions, la plante monte et fleurit dès la première année, réduisant ainsi les ressources carbonées exploitables qui sont stockées dans ses racines. L’objectif de ce mémoire était de contribuer au développement de marqueurs moléculaires permettant d’améliorer et d’accélérer la sélection de plantes résistantes à la montaison. Pour débuter ce travail, vingt-et-un gènes candidats ont été sélectionnés sur base de leur fonction dans les différentes voies de floraison décrites chez Arabidopsis thaliana. L’amplification de ces gènes candidats a été effectuée sur une core collection d’ADNg issus des vingt-neuf variétés à la base de la sélection de Cichorium intybus L. La recherche du polymorphisme génétique de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) au sein de quatorze gènes candidats a alors été réalisée. La détection des SNP a été effectuée, dans un premier temps, par des analyses EcoTILLING sur des pools d’échantillons puis, finalement, sur des échantillons individuels. Les SNP les plus fréquemment détectés ont été génotypés par séquençage, en se basant sur l’hypothèse qu’une fréquence ancestrale importante augmente la probabilité du SNP d’être toujours présent à l’heure actuelle. L’énorme diversité génétique observée au sein de la core collection représente ainsi une analyse préliminaire intéressante. En effet, l’objectif final est la mise en évidence de SNP qui auraient été conservés et qui pourraient donc être utilisés dans la sélection d’individus issus de variétés actuelles. Pour accélérer cette sélection, une technique d’analyse à haut débit dérivée de la méthode du Golden Gate Assay devra encore être mise au point. Celle-ci pourra alors être utilisée pour des études ultérieures en génomique structurelle (cartographie génétique) et fonctionnelle (études d’association) afin de concevoir des marqueurs moléculaires exploitables en sélection.

la date de réponse	2009
langue originale	Français
L'institution diplômante	Universite de Namur
Superviseur	Pierre Van Cutsem (Promoteur) & Nicolas Dauchot (Copromoteur)