Role of the kinase CDK-12 in the development of the nematode C. elegans

  • Pauline PONSARD

Student thesis: Master typesMaster en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire à finalité spécialisée (biologie appliquée et entreprise)

Résumé

La transcription des gènes codant pour des protéines est réalisée par l’ARN polymérase II (Pol II). Cette enzyme est composée de 12 sous-unités nommées Rpb1 à Rpb12 et possède sur sa plus grande sous-unité, Rpb1, un domaine carboxy-terminal (CTD) constitué de répétitions de l’heptapeptide Y1-S2-P3-T4-S5-P6-S7. Chacun de ces résidus peut être modifié afin de créer différentes combinaisons de séquences permettant le recrutement de facteurs impliqués dans la maturation des ARNm. Les modifications les plus abondantes sont la phosphorylation de la sérine en position 2 (CTD-Ser2) et 5 (CTD-Ser5) par les kinases dépendantes des cyclines, CDK7 (qui phosphoryle la CTD-Ser5) et CDK12/CDK9 (qui phosphorylent la CTD-Ser2). Bien que CDK9 soit essentielle pour l’embryogenèse, CDK12 ne l’est pas et semble être importante uniquement pour la transcription d’un groupe de gènes impliqués dans le développement post-embryonnaire chez l’organisme modèle Caenorhabditis elegans. En effet, dans le laboratoire, de précédentes études ont démontré que l’inhibition de CDK-12 chez C. elegans entraîne un arrêt développemental au stade post-embryonnaire L1.
Le but de ce mémoire est de poursuivre l’étude de CDK-12, premièrement en vérifiant que le phénotype induit par son inactivation résulte bien d’un déficit de phosphorylation des sérines en position 2 du CTD et deuxièmement en étudiant la régulation de CDK-12 in vivo. Nous avions donc pour but de générer deux souches transgéniques, exprimant soit un CTD où les sérines en position 2 sont remplacées par un résidu non-phosphorylable, soit CDK-12 taggée afin d’étudier sa phosphorylation et ses interactants éventuels par spectrométrie de masse. Dans les deux cas, plusieurs variations de la méthode CRISPR/Cas9 ont été utilisées sans succès. Une souche transgénique contrôle ciblant un autre gène a été obtenue, indiquant que la méthode est efficace.
la date de réponse17 janv. 2020
langue originaleAnglais
L'institution diplômante
  • Universite de Namur
SuperviseurDamien Hermand (Promoteur)

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