On the Design of an Image processing Tool To Help Cell Enumeration

  • Ariane Liteanu

Student thesis: Master typesMaster en sciences informatiques

Résumé

Automatiser la détection et l’énumération de cellules via leur photo est un moyen de faire gagner du temps aux biologistes lors de leurs expérimentations. Cependant, la perturbation de l’environnement de ces cellules, comme une surface poreuse, peut considérablement complexifier la tâche. Cette thèse présente un algorithme combinant des filtres et les opérations morphologiques d’érosion et de dilatation afin d’isoler les cellules dont le noyau est suffisamment visible et les compter. Ceci est obtenu en deux étapes : l’isolation des cellules de leur arrière-plan et l’isolation des nucléoles, partie reconnaissable du noyau. La morphologie mathématique permet de passer outre les variations d’intensité que l’on retrouve sur les images et aide à éliminer les éléments perturbateurs de l’image. Les cellules identifiées sont alors notifiées sur l’image d’origine et leur nombre est communiqué à l’utilisateur. Ces traitements sont effectués grâce à des scripts Python. Afin de rendre leur utilisation plus aisée pour une personne peu familière avec la programmation, plusieurs solutions d’interfaces ont été analysées. Sur base de prototypes, leurs qualités et défauts ont été mis en évidence.
la date de réponse28 août 2018
langue originaleAnglais
L'institution diplômante
  • Universite de Namur
SuperviseurJean-Marie JACQUET (Promoteur)

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