Les métastases sont le stade ultime du développement cancéreux et sont responsables d’une grande partie des décès causés par le cancer. Des études récentes ont décrit les voies de signalisation liées au phénotype métastatique. Cependant, l’implication réelle de toutes ces voies dans l’initiation du potentiel métastatique n’est pas toujours bien comprise. Une autre caractéristique clé des tumeurs est la présence de zones hypoxiques causées par un manque d’oxygène en leur centre. L’hypoxie conduit à l’expression de gènes favorisant la formation des métastases ainsi qu’à la répression de gènes empêchant leur développement. De nombreuses études portant sur les métastases et/ou sur la réponse à l’hypoxie ont utilisé des puces à ADN. Cependant, elles ont rarement exploité pleinement cette technique. Comme les données générées ont été rendues publiques, ce travail propose une ré-analyse de ces jeux de données pour en extraire de nouvelles informations sur le phénotype métastatique induit par l’hypoxie dans différentes lignées cellulaires cancéreuses, ainsi que la validation des hypothèses ainsi générées. Trois approches complémentaires ont été développées ; elles ont permis la sélection de 165 gènes d’intérêt. Sur ces 165 gènes, 91 ont déjà été décrits dans la littérature comme étant impliqués dans le cancer. Parmi eux, 41 sont connus pour réguler le potentiel métastatique. Vingt gènes ont également été décrits pour être impliqués dans la réponse à l’hypoxie. Enfin, ces 165 gènes peuvent être classés dans 42 voies de signalisation différentes, parmi lesquelles 12 sont directement liées au cancer, alors que 5 autres sont liées à la prolifération et la mobilité cellulaire. 1.000 contrôles négatifs composés de 165 gènes sélectionnés aléatoirement ont été incapables de fournir de tels résultats. De manière surprenante, 5 voies de signalisation, dans lesquelles sont impliqués les 165 gènes d’intérêt, sont liées à la reconnaissance de pathogènes et à la phagocytose. Les profils d’expression de 9 gènes impliqués dans l’une des voies de phagocytose et dans l’une des voies de reconnaissance de pathogènes ont été validés par RT-PCR en temps réel. Des tests de migration ont été effectués pour trois de ces gènes et deux d’entre eux (PAK1 et CFL2) montrent clairement une implication dans la migration cellulaire offrant de nouvelles cibles dans la lutte contre cette maladie.
Méta-analyse de damiers à ADN pour l’identification de gènes impliqués dans l’hypoxie et causant le phénotype métastatique : mesure de leur expression dans des cellules de différents potentiels métastatiques en hypoxie et en normoxie
Pierre, M. (Auteur). 27 oct. 2011
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