Implication de la kinase CDK-12 dans le développement postembryonnaire du nématode Caenorhabditis elegans

Résumé

Les kinases qui phosphorylent le domaine C-terminal (CTD) de Rpbl , la plus grosse sous unité de l' ARN polymérase II, jouent un rôle important pour coordonner la transcription et la maturation des ARN messagers (ARNm). Chez le nématode C. elegans, l'inhibition de la kinase de la sérine 2 du CTD, CDK-12, résulte en un arrêt du développement post-embryonnaire réversible au stade larvaire 1 (Ll). Cet arrêt, aussi appelé« diapause», est bien décrit et se produit naturellement lorsque les larves éclosent dans un environnement pauvre en nourriture. Le génome de C. elegans contient environ 20% de gènes organisés en opérons, dont l'expression est importante à la sortie de diapause. Le transcrit primaire est co-transcriptionnellement processé en ARNm monocistroniques par un mécanisme de trans-splicing qui différencie les gènes en première position des suivants. Pour disséquer le rôle de CDK-12, une étude transcriptornique a été réalisée. L' analyse statistique des résultats de RNA-seq a mis en évidence un groupe de gènes downrégulés suite à l'inhibition de CDK-12. Ce groupe est enrichi en gènes en position 2 ou plus des opérons, ce qui suggère un rôle de CDK-12 dans le processus de trans-splicing. Notre travail a visé à analyser en profondeur les données de séquençage pour analyser l'impact de l'inhibition de CDK-12 sur la maturation des ARN transcrits à partir <l'opérons. La conclusion de cette analyse est que l'inhibition de CDK-12 a bien un impact sur le phénomène de trans-splicing des gènes en position 2 ou plus des opérons. Notre travail a aussi révélé les difficultés techniques inhérentes à l'analyse par RNA-seq des extrémités transsplicées

la date de réponse	2017
langue originale	Français
L'institution diplômante	Universite de Namur
Superviseur	Damien Hermand (Promoteur)