"Docking" moléculaire par algorithme génétique basé sur des représentations en terme de points critiques de la densité électronique

  • Andy Becue

Thèse de l'étudiant: Master typesMaster en sciences chimiques

Résumé

Le but de ce mémoire est de développer une méthode originale de "docking" moléculaire par algorithme génétique (AG) en utilisant des représentations réduites des molécules. Ces dernières sont constituées des graphes de points critiques obtenus en réalisant l'analyse topologique de la densité électronique des molécules à moyenne résolution cristallographique (2,9 Å). Pour ce faire, nous avons utilisé les programmes XTAL et ORCRIT. Afin de mettre au point la méthode de "docking" de graphes de points critiques, nous avons choisi le complexe cyclodextrine béta perméthylée - flurbiprofen et considéré uniquement des interactions stériques entre "peaks". Le flurbiprofen étant chiral, nous avons étudié les complexes R et S. L'AG que nous avons utilisé considère les translations et rotations du graphe de "peaks" du flurbiprofen dans la cavité de la cyclodextrine également représentée par ses "peaks" et maintenue fixe. Des simulations par AG, nous avons isolé quatre solutions caractéristiques du problème à résoudre. Celles-ci se différencient par l'orientation et la position du flurbiprofen dans la cavité. Des minimisations ont été effectuées par mécanique moléculaire dans le but de valider les énergies et ordres de stabilité fournis par l'AG. Pour ce faire, nous avons utilisé le champ de force CVFF et le programme Discover3. Nous avons ainsi pu mettre en évidence l'importance des contributions des énergies de van der Waals par rapport aux énergies électrostatiques. Nous avons également pu étudier l'influence de l'eau car le complexe cyclodextrine-flurbiprofen R est hydraté, alors que celui incluant le flurbiprofen S ne l'est pas.
la date de réponse2000
langue originaleFrançais
SuperviseurDaniel Vercauteren (Promoteur)

Contient cette citation

"Docking" moléculaire par algorithme génétique basé sur des représentations en terme de points critiques de la densité électronique
Becue, A. (Auteur). 2000

Thèse de l'étudiant: Master typesMaster en sciences chimiques