Contribution à l'amélioration de la résistance aux pathogènes chez la chicorée industrielle à l'aide de marqueurs moléculaires de classe 1.

Résumé

La culture de chicorée industrielle, Cichorium intybus, est affectée de façon significative par deux champignons : Eryriphe cichoracearum et Puccinia cichorii. Afin d'améliorer la résistance de la chicorée contre les pathogènes, nous avons décidé de contribuer au développement des marqueurs moléculaires que de type Single Nucléotide Polymorphism (SNP) utilisables en sélection variétale. Pour ce faire, notre stratégie a été de caractériser le polymorphisme présent à l'origine de la sélection de la chicorée industrielle pour préparer des outils utiles pour de futures études d'association. Les analyses se sont focalisées sur une centaine de gènes candidats. Notre intérêt s'est porté sur les gènes NBS-LRR, sur une série de vingt-et-une séquences de chicorée potentiellement orthologues avec des séquences de laitue associées à la résistance aux pathogènes (carte génétique du CGPDB), sur des homologues des gènes WAK et d'autres gènes de résistance impliqués dans les voies de réponses aux pathogènes. Ces gènes candidats ont été mis en évidence dans un set d'unigènes de chicorée suite à de nombreuses analyses bioinformatiques basées sur des recherches d'homologies, des recherches de domaines ainsi que des recherches bibliographiques. La génération et l'exploitation poussée de banques de données locales se basant sur les séquences d'Astéracée disponibles en ligne a également été réalisée. Pour chaque candidat, des amorces ont été définies, vingt-sept séquences ont pu être amplifiées et la recherche de polymorphisme de type SNP dans une collection de cultivars anciens a été entreprise expérimentalement pour dix d'entre elles grâce à l'EcoTILLING. Au terme de ce mémoire, nous disposons d'une liste de gènes candidats, de paires d'amorces, de procédures et de résultats préliminaires concernant le polymorphisme d'une dizaine de gènes impliqués dans la réponse face aux pathogènes. Ces informations pourront, à terme, servir à l'amélioration de la chicorée industrielle.

la date de réponse	2009
langue originale	Français
L'institution diplômante	Universite de Namur
Superviseur	Pierre Van Cutsem (Promoteur) & Nicolas Dauchot (Copromoteur)