Cartographie d'interactions d'un jeu de protéines de Caenorhabditis elegans communes à l'humain et n'ayant pas d'homologue chez Saccharomyces cerevisiae

  • Yann Deccache

    Student thesis: Master typesMaster en sciences biologiques

    Résumé

    La création d'un« atlas » biologique de C. elegans (modèle particulièrement intéressant pour l'étude des organismes eucaryotes multicellulaires ), regroupant tous les aspects fonctionnels relatifs au génome et à ses produits, est le projet du laboratoire du Dr M. Vidal au DanaFarber Cancer Institute, à Boston ( où s'est déroulée la partie pratique de ce travail). L' interactome» , une des« cartes» de cet atlas, regroupera les interactions entre les protéines de C. elegans. La réalisation de cet interactome est répartie entre divers projets. L'un d'eux consiste à répertorier les interactions entre les protéines de C. elegans communes à l'humain et n'ayant pas d'homologue chez la levure. Dans le cadre de ce mémoire, nous nous sommes intéressés à la création d'une carte d'interactions d'un set de 94 protéines répondant à ce double critère. Pratiquement, ce travail s'est déroulé en deux grandes étapes : le clonage des gènes d'intérêt et un screening double-hybride. La méthode Gateway™ a permis de cloner, dans des vecteurs adaptés à la technique du
    double-hybride, les ORFs codant les protéines étudiées. Les avantages de cet outil sont sa grande efficacité et son automatisation. Le test de double-hybride en levure a permis de confronter chaque protéine étudiée à l'ensemble des protéines de C. elegans et de sélectionner celles qui interagissent. Au terme du travail, 38 des 94 protéines ont été testé en double-hybride. Suite à ce test, trois interacteurs potentiels ont été découverts. Toutefois, il est possible qu'il s'agisse de faux positifs (qui sont courants dans un crible double-hybride). Un séquençage devrait permettre de vérifier cette hypothèse. Par ailleurs, notre subset d'interactome ne concernant qu'une quarantaine de protéines, il conviendrait d'élargir l'ampleur de ce test avant de pouvoir tirer des conclusions
    la date de réponse2002
    langue originaleAnglais
    SuperviseurJean VANDENHAUTE (Promoteur)

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