Analyse d'une méthode originale de repliement de protéines associant le sodium dodécyle sulfate et le 2-méthyle-2,4-pentanediol

Thèse de l'étudiant: Doc typesDocteur en Sciences

Résumé

La compréhension du phénomène de repliement constitue un défi majeur en biochimie structurale et en biophysique des protéines: la connaissance des mécanismes par lesquels les protéines adoptent une structure 3D particulière peut aider à comprendre et/ou prédire les fonctions des protéines. Il n'existe actuellement aucune méthode générale permettant de replier et caractériser une protéine. En effet, bien que de nombreux protocoles soient référencées dans la littérature, l'étude d'une nouvelle protéine fait, presque toujours, intervenir de nombreuses étapes préliminaires afin d'identifier les conditions permettant son repliement. Dans ce contexte, une méthode originale a récemment été mise en évidence, associant un détergent, le sodium dodécyle sulfate (SDS; connu pour ses propriétés dénaturantes), à un cosolvant, le 2-méthyle-2,4-pentanediol (MPD). Bien que cette combinaison ait préalablement été appliquée avec succès afin d'induire la renaturation de différentes protéines (lysozyme, anhydrase carbonique et PagP), les mécanismes associés sont encore peu connus. L'objectif général de cette thèse est donc d'améliorer les connaissances générales afin de pouvoir optimiser la méthode. Pour cela, une stratégie en quatre temps a été suivie: (i) L'utilisation de l'Omp2a comme modèle de protéine membranaire multimérique a permis d'identifier le rapport de concentrations entre le détergent et le cosolvant menant à un repliement optimal de la protéine. (ii) En combinant des études expérimentales (mesures biophysiques) et théoriques (dynamique moléculaire), il a été possible de caractériser le processus de dénaturation de peptides modèles dans le SDS. (iii) La dissociation de micelles de SDS par le MPD a ensuite été mise en évidence par des mesures en diffusion lumineuse dynamique et des simulations en dynamiques moléculaires. (iv) Finalement, le repliement des peptides solubles en présence du couple SDS/MPD a permis de mettre en évidence le rôle clé du MPD pour protéger les peptides de l'effet dénaturant du SDS et permettre ainsi leur repliement.
Date de réussite27 juin 2014
langueFrançais
Institution diplomante
  • Université de Namur
SuperviseurEric Perpète (Promoteur), Yves Caudano (Président), Catherine Michaux (Jury), Xavier De Bolle (Jury), Mark S.P. Sansom (Jury) & André Matagne (Jury)

Keywords

  • trpcage
  • sodium dodecyl sulfate
  • trpzip
  • unfolding
  • refolding
  • 2-methyl-24-pentanediol

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Analyse d'une méthode originale de repliement de protéines associant le sodium dodécyle sulfate et le 2-méthyle-2,4-pentanediol
Roussel, G. (Auteur). 27 juin 2014

Thèse de l'étudiant: Doc typesDocteur en Sciences