Analyse protéomique pour une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse cellulaire aux stress (hypoxie, stress métabolique, conditions pro-athérogène, stress aux UV,...) dans divers modèles de cellules en culture

Le protéome est défini comme l'ensemble des protéines exprimées dans un contexte particulier dans un type cellulaire ou un tissu donné. En URBC, l'approche protéomique est utilisée principalement pour identifier des nouveaux marqueurs de « stress » et pour élucider les mécanismes moléculaires de réponses des cellules aux stress. L'URBC dispose des équipements et des ressources humaines pour mener des études protéomiques, via des gels d'électrophorèse bidimensionnelle. Les gels sont analysés en colorimétrie (et dans un avenir proche en fluorimétrie). Nous étudions le protéome sur différents modèles de cellules : fibroblastes humains ayant subi une sénescence normale ou induite prématurément par des stress subcytotoxiques, des cellules endothéliales stressés sous hypoxie ou en conditions pro-athérogènes , ... L 'approche protéomique est également appliquée, non pas à des cellules, mais à des organelles subcellulaires, telles que des mitochondries et lysosomes isolés à partir de cellules dans lesquelles l'activité de ces organelles a été perturbée. Après analyse des profils d'expression différentielle, les spots intéressants (correspondant à des variations significatives d'expression), sont alors trypsinisés et analysés via la spectrométrie de masse. Le Service de spectrométrie de masse dispose d'un spectromètre de masse de type MALDI et d'un spectromètre de masse de type Q-TOF, qui permettent d'identifier ces protéines trypsinisées. Les résultats obtenus en analyse protéomique sont d'abord confirmés (western blot, real-time-PCR, immunocytochimie en microscopie confocale, ') et en cas de confirmation, sont le point de départ de tests fonctionnels visant à démontrer l'importance physiologique éventuelle des sur/sous-expressions mises en évidence.