Micro-damier pour l'identification conjointe de marqueurs génétiques spécifiques d'espèces bactériennes et de déterminants de résistance aux antibiotiques

Depuis l'avénement des antibiotiques comme moyen de lutte contre les agents infectieux, les problèmes posés par l'apparition des mécanismes de résistance sont de plus en plus préoccupants, particulièrement en soins intensifs et chez les patients immuno-déprimés mais également dans la population générale. Dans les unités de soins intensifs, les infections dues aux germes multi-résistants restent le facteur majeur affectant la morbidité et la mortalité, et ce, en dépit de l'arsenal antibiotique. Parmi les bactéries gram-positifs, les staphylocoques (Staphylococcus aureus et staphylocoques coagulase-négative) et les entérocoques sont les pathogènes les plus fréquemment rencontrés dans les infections nosocomiales. Les infections nosocomiales hospitalières se distinguent de celles rencontrées en milieu extra-hospitalier par l'apparition rapide et fréquente de résistance bactérienne aux antibiotiques.

Le diagnostic de ces infections par les techniques conventionnelles, ne permet une identification précise du germe qu'après 24 à 48 h . Il faut en outre, attendre 72 h pour disposer d'un antibiogramme. Une approche moléculaire du diagnostic bactériologique, basée sur une mise en évidence de caractères génotypques plutôt que sur leur expression phénotypique, constitue une démarche originale qui peut s'avérer une arme efficace et rentable pour l'identification des agents pathogènes et de leurs mécanismes de résistance aux antibiotiques.

Les biochips de par leur caractère multiparamétrique sont des outils permettant l'identification simultanée de nombreuses séquences d'ADN. Le but du projet consiste à développer des micro-damiers pour l'identification conjointe des gènes spécifiques d'espèces bactériennes (staphylocoques, mycobactéries, streptocoques, entérocoques, etc.) et de déterminants de résistance aux antibiotiques.