Création d'un algorithme de design de Microarrays

Une collaboration a été conclue avec la société E.A.T. (qui produit des micro-chips pour le compte d'EPPENDORFF) afin de développer un logiciel capable de rechercher des paires d'oligonucléotides conservés entre des séquences d'ADN d'organismes bactériens différents et situés à une distance optimale l'un de l'autre, puis de retrouver, dans les régions situées entre ces primers, un ou plusieurs fragment(s) spécifique(s) à chaque organisme-cible. Une ou plusieurs paires d'oligonucléotides pourront être sélectionnées afin d'amplifier simultanément des régions spécifiques à chaque organisme-cible retrouvées par le logiciel. Ces régions spécifiques permettront d'identifier chaque organisme au moyen de chips à ADN. L'algorithme recourt à des solutions heuristiques qui ont permis de gagner un facteur temps de 10.000 par rapport à un algorithme plus exhaustif beaucoup plus lent.
De plus, une interface conviviale sera mise en place sur Internet permettant une utilisation aisée des programmes. Le but de cette étude est de fournir à E.A.T. un logiciel capable de générer des biochips de diagnostics discriminatifs d'organismes pathogènes. Une grande partie du temps de travail est consacrée à l'écriture et à l'amélioration de ce programme, en relation avec les chercheurs d'EAT. La réalisation de ces programmes s'inscrit dans un projet plus vaste de conception d'un nouvel outil moléculaire rapide et précis de diagnostic de maladies nosocomiales par EAT, en particulier les pneumonies.
L'objectif est d'élaborer un seul test pour couvrir l'identification de tous les genres et espèces bactériens présents dans les pneumonies nosocomiales.