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Résultat de recherche 1987 2019

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Article
2019
Serine
Enzymes
Phosphoserine
Molecular Dynamics Simulation
Glycine

Interaction of POPC, DPPC, and POPE with the μ opioid receptor: A coarse-grained molecular dynamics study

Angladon, M-A., Fossépré, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 mars 2019, Dans : PLoS ONE. 14, 3, p. e0213646 19 p., e0213646.

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Accès ouvert
molecular dynamics
narcotics
Opioid Receptors
Molecular Dynamics Simulation
Molecular dynamics
2018

Investigating Cyclic Peptides Inhibiting CD2-CD58 Interactions through Molecular Dynamics and Molecular Docking Methods

Leherte, L., Petit, A., Jacquemin, D., Vercauteren, D. & Adèle, L., 1 nov. 2018, Dans : Journal of computer-aided molecular design. 32, 11, p. 1295-1313 19 p.

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Accès ouvert
File
Cyclic Peptides
Molecular Dynamics Simulation
peptides
Molecular dynamics
Ligands
2017
Accès ouvert
Ubiquitin
Molecular dynamics
molecular dynamics
proteins
Proteins
2016

Accessing the Free Energy Profile of a Ring Closure in a Proline-Catalyzed Reaction Using a Reactive Force Field

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 2016, Dans : Theoretical Chemistry Accounts. 135, 1, p. 1-10 10 p., 16.

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Proline
field theory (physics)
Free energy
closures
free energy

Multiscale Design of Coarse-Grained Elastic Network-Based Potentials for the μ Opioid Receptor

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 1 sept. 2016, Dans : Journal of Molecular Modeling. 22, 9, 20 p., 227.

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Opioid Receptors
Molecular dynamics
Atoms
spatial resolution
molecular dynamics

Parameterization of the ReaxFF Reactive Force Field for a Proline-Catalyzed Aldol Reaction

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 4 sept. 2016, Dans : Journal of Computational Chemistry. 37, 29, p. 2564-2572 9 p.

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Force Field
Parameterization
Simulated annealing
Set theory
Proline
55 Downloads (Pure)

Reduced point charge models of proteins: Assessment based on molecular dynamics simulations

Leherte, L., 2016, Dans : Molecular Simulation. 42, 4, p. 289-304 16 p.

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Accès ouvert
File
Molecular Dynamics Simulation
Molecular dynamics
Charge
molecular dynamics
proteins
2015

Formation and Structural, Energetic and Dynamic Properties of Cyclodextrin Host Tubes and Included Guest Molecules

Staelens, N., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2015, Dans : Supramolecular Chemistry. 27, p. 90-109 21 p.

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Cyclodextrins
Molecules
Styrene
Simulated annealing
Molecular dynamics

Modeling of structural, energetic, and dynamic properties of few-atom silver clusters embedded in polynucleotide strands by using molecular dynamics

Staelens, N., Leherte, L., Champagne, B. & Vercauteren, D. P., 2 févr. 2015, Dans : ChemPhysChem. 16, 2, p. 360-369 10 p.

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polynucleotides
Polynucleotides
Silver
strands
dynamic characteristics

On the Modularity of the Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor: A Computational study

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 2015, Dans : PLoS ONE. 9, 12, 29 p., e115856.

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narcotics
Opioid Receptors
receptors
chemical speciation
G-Protein-Coupled Receptors
2014
137 Downloads (Pure)

Comparison of Reduced Point Charge Models of Proteins: Molecular Dynamics Simulations of Ubiquitin

Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2014, Dans : SCIENCE CHINA Chemistry. 57, 10, p. 1340-1354 15 p.

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Accès ouvert
File
Ubiquitin
Molecular dynamics
Computer simulation
Atoms
Charge density
39 Downloads (Pure)
Accès ouvert
File
Ubiquitin
Molecular dynamics
molecular dynamics
proteins
Proteins

Quantum Mechanical Investigations on the Role of Neutral and Negatively Charged Enamine Intermediates in Organocatalyzed Reactions

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 15 avr. 2014, Dans : Chemical physics. 434, p. 30 - 36 7 p.

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Cations
Solvation
Proline
Aldehydes
Environmental impact
2013
Proline
Molecular dynamics
Carbon
Atoms
Catalysts
2012

Ab initio quantum chemical and ReaxFF-based study of the intramolecular iminium-enamine conversion in a proline-catalyzed reaction

Hubin, P. O., Jacquemin, D., Leherte, L., André, J. M., van Duin, A. C. T. & Vercauteren, D. P., 9 août 2012, Dans : Theoretical Chemistry Accounts. 131, 8, p. 1-11 11 p.

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Quantum theory
Proline
quantum mechanics
Stereoselectivity
Chirality

Smoothed Gaussian Molecular Fields: An Evaluation of Molecular Alignment Problems

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 janv. 2012, Dans : Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling. 131, 8, p. 1259/1-16 16 p.

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Molecular orientation
alignment
drugs
Molecules
evaluation
2011
Charge density
Electrostatics
Proteins
Poisson equation
Solvation

Implementation of a Protein Reduced Point Charge Model Toward Molecular Dynamics Applications

Leherte, L. & Vercauteren, D., 17 nov. 2011, Dans : Journal of physical chemistry A. 115, 45, p. 12531-12543 13 p.

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Molecular dynamics
molecular dynamics
proteins
Atoms
Charge distribution

Theoretical Investigation of the Structure of Cyclodextrin Tubules

Staelens, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 2011, Dans : Chimie nouvelle. 107, p. 6-12 7 p.

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2009

Coarse Point Charge Models for Proteins from Smoothed Molecular Electrostatic Potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 déc. 2009, Dans : Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 12, p. 3279-3298 20 p.

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Electrostatics
electrostatics
proteins
Proteins
Ion Channels

Confinement in Molecular Sieves: The Pioneering Physical Concepts

Lucas, A., Derycke, I., Lambin, P., Vigneron, J-P., Leherte, L., Elanany, M., Andre, J-M., Larin, A. & Vercauteren, D., 15 juin 2009, Dans : Journal of Molecular Catalysis A: Chemical. 305, 1-2, p. 16-23 8 p.

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Zeolites
Molecular sieves
absorbents
sieves
Sieves
2008

Can Descriptors of the Electron Density Distribution Help to Distinguish Functional Groups?

Burton, J., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 oct. 2008, Dans : Journal of chemical information and modeling. 48, 10, p. 1974-1983 10 p.

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Electronic density of states
Functional groups
Group
Carrier concentration
projection

Collective Motions in Protein Structures: Applications of Elastic Network Models Built from Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 juil. 2008, Dans : Computer physics communications. 179, p. 171-180 10 p.

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Electronic density of states
density distribution
proteins
Proteins
Carrier concentration

Collective Motions of Rigid Fragments in Protein Structures from Smoothed Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 15 juil. 2008, Dans : Journal of Computational Chemistry. 29, 9, p. 1472-1489 18 p.

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Collective Motion
Electronic density of states
Protein Structure
Network Model
Fragment
2007

In Silico Molecular Similarity and Complementarity Based on the Electron Density

Becue, A., Burton, J., Dury, L., Hansenne, C., Larin, A., Latour, T., Leherte, L., Meurice, N., Petit, J. & Vercauteren, D., 2007, Dans : Chimie nouvelle. 94, p. 14-21 8 p.

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Structural, Energetic, and Dynamical Properties of Rotaxanes Constituted of α-Cyclodextrins and an Azobenzene Chain

Briquet, L., Staelens, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 juil. 2007, Dans : Journal of Molecular Graphics and Modelling. 26, p. 104-116 13 p.

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Rotaxanes
Azobenzene
Cyclodextrins
isomers
configurations
2006

Similarity measures based on gaussian-type promolecular electron density models: Alignment of small rigid molecules

Leherte, L., 30 nov. 2006, Dans : Journal of Computational Chemistry. 27, 15, p. 1800-1816 17 p.

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Similarity Measure
Carrier concentration
Alignment
Kinetics
Molecules
2005

Influence of Conformation on the Representation of Small Flexible Molecules at Low Resolution: Alignment of Endothiapepsin Ligands

Leherte, L., Meurice, N. & Vercauteren, D., 1 juil. 2005, Dans : Journal of computer-aided molecular design. 19, 7, p. 525-549 25 p.

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Conformations
Function evaluation
Ligands
Molecules
Simulated annealing
2004

Evaluation of the Protein Solvent-Accessible Surface Using Reduced Representations in terms of Critical Points of the Electron Density

Becue, A., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 15 juil. 2004, Dans : Journal of Computational Chemistry. 25, 9, p. 1117-1126 10 p.

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Carrier concentration
Critical point
Surface area
Electron
Proteins
Electrons
Proteins
Protein Conformation
Amino Acids

Use of Electron Density Critical Points as Chemical Function-Based Reduced Representations of Pharmacological Ligands

Biname, J., Meurice, N., Leherte, L., Glasgow, J., Fortier, S. & Vercauteren, D., 1 juil. 2004, Dans : Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 44, 4, p. 1394-1401 8 p.

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Carrier concentration
Ligands
Molecules
2003

Description of Protein-DNA Complexes in Terms of Electron-Density Topological Features

Becue, A., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 déc. 2003, Dans : Acta crystallographica. Section D. Biological crystallography. 59, 12, p. 2150-2162 13 p.

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Electrons
DNA
Proteins

Structural Identification of Local Maxima in Low-Resolution Promolecular Electron Density Distributions

Leherte, L., Dury, L. & Vercauteren, D. P., 20 nov. 2003, Dans : Journal of physical chemistry A. 107, 46, p. 9875-9886 12 p.

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Electronic density of states
density distribution
substructures
thrombin
Benzodiazepines
2002

Application of a Kohonen Neural Network to the Analysis of Data Regarding the Alkylation of Toluene with Methanol Catalyzed by ZSM-5 Type Zeolites

Petit, J., Zupan, J., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 nov. 2002, Dans : Computers and Chemistry. 26, 6, p. 557-572 16 p.

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Zeolites
Alkylation
Toluene
Xylene
Methanol
Zeolites
Carbon Monoxide
zeolites
Molecules
probes
2001
Organic compounds
Molecular structure
Screening
Chemical compounds
Molecules
Electronic density of states
Multiresolution
Superposition
Carrier concentration
Critical point

Dynamics of benzene in zeolite KL

Hansenne, C., Jousse, F., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 22 janv. 2001, Dans : Journal of Molecular Catalysis A: Chemical. 166, 1, p. 147-165 19 p.

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Zeolites
Benzene
Entropy
benzene
entropy
2000

Critical Point Representations of Electron Density Maps for the Comparison of Benzodiazepine-Type Ligands

Leherte, L., Meurice, N. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 2000, Dans : Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 40, p. 816-832 17 p.

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Electronic density of states
Benzodiazepines
Carrier concentration
Ligands
Simulated annealing

Linear dependence of the interaction energy on intramolecular distance for adsorbed or clustered diatomic molecules

Larin, A., Leherte, L., Vercauteren, D. P. & Trubnikov, D. N., 20 sept. 2000, Dans : Molecular physics. 98, 18, p. 1433-1439 7 p.

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Zeolites
diatomic molecules
Hydrogen
Gases
molecular properties
1999

Multiresolution analysis of electron density maps

Leherte, L., 1 sept. 1999, Dans : Computer physics communications. 121, p. 688 1 p.

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Multiresolution analysis
Carrier concentration
problem solving
smoothing
atomic structure
1998

Approximation of the Mulliken-type charges for the oxygen atoms of all-siliceous zeolites

Larin, A. V., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 24 avr. 1998, Dans : Chemical Physics Letters. 287, 1-2, p. 169-177 9 p.

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Zeolites
zeolites
oxygen atoms
Oxygen
Atoms

Comparison of benzodiazepine-like compounds using topological analysis and genetic algorithms.

Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 1998, Dans : SAR and QSAR in environmental research. 8, 3-4, p. 195-232 38 p.

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Benzodiazepines
Genetic algorithms
Carrier concentration
GABA-A Receptors
Electrons

Développement d'algorithmes génétiques originaux appliqués à la comparaison moléculaire et à l'élucidation de pharmacophore

Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 1998, Dans : Journal de Pharmacie de Belgique. 53, 2, p. 100-101 2 p.

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1997

Analysis of MD trajectories as a jump diffusion process: Butene isomers in zeolite types TON and MEL

Jousse, F., Leherte, L. & Vercauteren, D., 12 juin 1997, Dans : Journal of physical chemistry B. 101, p. 4717-4732 16 p.

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Butenes
Isomers
Trajectories
Molecular dynamics
Molecules

Analysis of Three-Dimensional Protein Images

Leherte, L., Glasgow, J., Baxter, K., Steeg, E. & Fortier, S., 1997, Dans : Journal of Artificial Intelligence Research. 7, p. 125-159 35 p.

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Critical-point analysis in protein electron-density map interpretation

Fortier, S., Chiverton, A., Glasgow, J. & Leherte, L., 1 janv. 1997, Dans : Methods in Enzymology. 277, p. 131-157 27 p.

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