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Résultat de recherche 1987 2019

2019
Serine
Enzymes
Phosphoserine
Molecular Dynamics Simulation
Glycine

Interaction of POPC, DPPC, and POPE with the μ opioid receptor: A coarse-grained molecular dynamics study

Angladon, M-A., Fossépré, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 2019, Dans : PLoS ONE. 19 p., e0213646.

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molecular dynamics
narcotics
Opioid Receptors
Molecular Dynamics Simulation
Molecular dynamics

Investigation of Cyclic Ligand Inhibiting CD2-CD58 Interactions Using Molecular Dynamics and Molecular Docking Approaches - COMP579

Vercauteren, D., Leherte, L., Laurent, A. & Jacquemin, D., avr. 2019, Abstracts of the 2557th Annual Meeting and Exposition of the American Chemical Society.

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Accès ouvert
File
2018

Applications of Leveling Methods to Properties of Small Molecules and Protein Systems

Leherte, L., 2018, Innovations in Computational Chemistry: Theoretical and Quantum Chemistry at the Dawn of the 21st Century. Carbó-Dorca, R. & Chakraborty, T. (eds.). p. 197-248 51 p.

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Multiresolution analysis
Molecules
Crystallography
Ubiquitin
Charge density
3 Downloads (Pure)

Influence of Protein-Solvent Interactions on the Molecular Dynamics of Reduced Point Charge Models of Proteins - COMP5

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2018, Abstracts of the 255th Annual Meeting and Exposition of the American Chemical Society. ACS

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Accès ouvert
File
Molecular dynamics
Water
Proteins
Atoms
Amino Acids
4 Downloads (Pure)

Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor through Multiscale Modelling Approaches - COMP403

Vercauteren, D., Fossepre, M., Leherte, L. & Laaksonen, A., 2018, Abstracts of the 255th Annual Meeting and Exposition of the American Chemical Society. ACS

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Accès ouvert
File
Opioid Receptors
Atoms
Formability
G-Protein-Coupled Receptors
Computational methods
5 Downloads (Pure)

Investigation of cyclic ligands inhibiting CD2-CD58 interactions using molecular dynamics and molecular docking approaches

Leherte, L., Petit, A., Jacquemin, D., Vercauteren, D. & Laurent, A., 23 nov. 2018.

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File
Molecular dynamics
Ligands
Proteins
Hydrogen bonds
Collagen

Understanding structure and dynamics of small peptides and proteins through the lens of network science

Fossepre, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D., 2018, Methods and Principles in Medicinal Chemistry series : Biomolecular Simulations in Structure-based Drug Discovery. Gervasio, F. L., Spiwok, V., Mannhold, R., Buschmann, H. & Holenz, J. (eds.). Wiley-VCH

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Lenses
Peptides
Proteins
Opioid Receptors
Biological systems
2017
Accès ouvert
Ubiquitin
Molecular dynamics
molecular dynamics
proteins
Proteins
2016

Accessing the Free Energy Profile of a Ring Closure in a Proline-Catalyzed Reaction Using a Reactive Force Field

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 2016, Dans : Theoretical Chemistry Accounts. 135, 1, p. 1-10 10 p., 16.

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Proline
field theory (physics)
Free energy
closures
free energy

Comparison of Coarse-Grain and All-Atom Methods for the Study of µ Opioid Receptor

Angladon, M-A., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 26 avr. 2016.

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Opioid Receptors
Lipids
Molecular Dynamics Simulation
G-Protein-Coupled Receptors
Proteins

Multiscale Design of Coarse-Grained Elastic Network-Based Potentials for the μ Opioid Receptor

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 1 sept. 2016, Dans : Journal of Molecular Modeling. 22, 9, 20 p., 227.

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Opioid Receptors
Molecular dynamics
Atoms
spatial resolution
molecular dynamics

On the Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor through Multiscale Modeling Approaches

Fossepre, M. F., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2016.

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Parameterization of the ReaxFF Reactive Force Field for a Proline-Catalyzed Aldol Reaction

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 4 sept. 2016, Dans : Journal of Computational Chemistry. 37, 29, p. 2564-2572 9 p.

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Force Field
Parameterization
Simulated annealing
Set theory
Proline
52 Downloads (Pure)

Reduced point charge models of proteins: Assessment based on molecular dynamics simulations

Leherte, L., 2016, Dans : Molecular Simulation. 42, 4, p. 289-304 16 p.

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Accès ouvert
File
Molecular Dynamics Simulation
Molecular dynamics
Charge
molecular dynamics
proteins
2015
52 Downloads (Pure)

Design and applications of reduced point charge models of proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D., sept. 2015.

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Accès ouvert
File
Proteins
Molecular dynamics
Charge density
Atoms
Electrostatics
16 Downloads (Pure)

Design of reduced point charge models for proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D., juin 2015.

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Accès ouvert
File
proteins
atoms
smoothing
trajectories
amino acids

Effect of the membrane rigidity on the conformations of the µ opioid receptor

Angladon, M-A., Leherte, L. & Vercauteren, D., 6 nov. 2015.

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Cyclodextrins
Molecules
Styrene
Simulated annealing
Molecular dynamics
polynucleotides
Polynucleotides
Silver
strands
dynamic characteristics

On the Modularity of the Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor: A Computational study

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 2015, Dans : PLoS ONE. 9, 12, 29 p., e115856.

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narcotics
Opioid Receptors
receptors
chemical speciation
G-Protein-Coupled Receptors
2014
134 Downloads (Pure)

Comparison of Reduced Point Charge Models of Proteins: Molecular Dynamics Simulations of Ubiquitin

Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2014, Dans : SCIENCE CHINA Chemistry. 57, 10, p. 1340-1354 15 p.

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Accès ouvert
File
Ubiquitin
Molecular dynamics
Computer simulation
Atoms
Charge density
36 Downloads (Pure)

Design of reduced point charge models for proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D. P., août 2014, p. COMP 373.

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Accès ouvert
File
Charge density
Carrier concentration
Poisson equation
Proteins
Amino Acids

Effect of the lipidic membrane composition on the dynamical properties of the µ opioid receptor

Angladon, M-A., Fossepre, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 4 avr. 2014.

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Effect of the phosphatidylcholine on the dynamical properties of the µ opioid receptor

Angladon, M-A., Fossepre, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 14 nov. 2014.

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36 Downloads (Pure)
Accès ouvert
File
Ubiquitin
Molecular dynamics
molecular dynamics
proteins
Proteins
Cations
Solvation
Proline
Aldehydes
Environmental impact
2013

Influence des lipides sur les propriétés dynamiques du récepteur aux opioïdes µ

Angladon, M-A., Fossepre, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 15 nov. 2013.

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Proline
Molecular dynamics
Carbon
Atoms
Catalysts
2012
Quantum theory
Proline
quantum mechanics
Stereoselectivity
Chirality
46 Downloads (Pure)

Design of a reduced point charge model for proteins – Molecular Dynamics applications

Leherte, L. & Vercauteren, D., 10 févr. 2012.

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Accès ouvert
File
Molecular dynamics
Charge density
Electrostatics
Proteins
Amino Acids

Quantum Mechanical and ReaxFF-Based Studies of the Intramolecular Investigations on the Iminium-Enamine Conversion in a Proline Catalyzed Reaction

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2012, Abstracts of Papers of the American Chemical Society. Vol 243. p. COMP-259

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Smoothed Gaussian Molecular Fields: An Evaluation of Molecular Alignment Problems

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 janv. 2012, Dans : Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling. 131, 8, p. 1259/1-16 16 p.

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Molecular orientation
alignment
drugs
Molecules
evaluation
2011
Charge density
Electrostatics
Proteins
Poisson equation
Solvation

Implementation of a Protein Reduced Point Charge Model Toward Molecular Dynamics Applications

Leherte, L. & Vercauteren, D., 17 nov. 2011, Dans : Journal of physical chemistry A. 115, 45, p. 12531-12543 13 p.

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Molecular dynamics
molecular dynamics
proteins
Atoms
Charge distribution

Theoretical Investigation of the Structure of Cyclodextrin Tubules

Staelens, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 2011, Dans : Chimie nouvelle. 107, p. 6-12 7 p.

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2010

Design of a reduced point charge model for proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D., juil. 2010.

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electrostatics
proteins
amino acids
range (extremes)
Poisson equation
20 Downloads (Pure)

Design of a reduced point charge model for proteins: Applications to molecular electrostatic potential and solvation energy calculations

Leherte, L. & Vercauteren, D., déc. 2010.

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File
solvation
potential energy
electrostatics
proteins
amino acids

Determination of Protein Coarse-Grain Charges from Smoothed Electron Density Distribution Functions and Molecular Electrostatic Potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2010, Handbook of Computational Chemistry Research. Collett, C. T. & Robson, C. D. (eds.). Hauppauge (NY): Nova Science Publishers, Inc., p. 153-191 39 p.

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2009

Coarse Point Charge Models for Proteins from Smoothed Molecular Electrostatic Potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 déc. 2009, Dans : Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 12, p. 3279-3298 20 p.

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Electrostatics
electrostatics
proteins
Proteins
Ion Channels
Zeolites
Molecular sieves
absorbents
sieves
Sieves
52 Downloads (Pure)
File
19 Downloads (Pure)

Determination of protein reduced electrostatic models from smoothed molecular electrostatic potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., juil. 2009.

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Accès ouvert
File
Electrostatics
Proteins
Amino Acids
Atoms
Glycine
2008

Can Descriptors of the Electron Density Distribution Help to Distinguish Functional Groups?

Burton, J., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 oct. 2008, Dans : Journal of chemical information and modeling. 48, 10, p. 1974-1983 10 p.

Résultats de recherche: Contribution à un journal/une revueArticle

Electronic density of states
Functional groups
Group
Carrier concentration
projection

Collective Motions in Protein Structures: Applications of Elastic Network Models Built from Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 juil. 2008, Dans : Computer physics communications. 179, p. 171-180 10 p.

Résultats de recherche: Contribution à un journal/une revueArticle

Electronic density of states
density distribution
proteins
Proteins
Carrier concentration

Collective Motions of Rigid Fragments in Protein Structures from Smoothed Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 15 juil. 2008, Dans : Journal of Computational Chemistry. 29, 9, p. 1472-1489 18 p.

Résultats de recherche: Contribution à un journal/une revueArticle

Collective Motion
Electronic density of states
Protein Structure
Network Model
Fragment
19 Downloads (Pure)

Determination of protein coarse-grain charges from smoothed molecular electrostatic potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2008.

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Accès ouvert
File
Electrostatics
Carrier concentration
Proteins
Protein folding
Atoms

Protein-Protein Docking Using Three-Dimensional Reduced Representations and Based on a Genetic Algorithm

Becue, A., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 2008, Models, Mysteries, and Magic of Molecules. Boeyens, J. C. A. & Ogilvie, J. F. (eds.). Guildford: Springer, p. 301-323 23 p.

Résultats de recherche: Contribution dans un livre/un catalogue/un rapport/dans les actes d'une conférenceChapitre

2007
39 Downloads (Pure)

Collective Motions in Protein Structures: Application of Elastic Network Models Built from Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2007.

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File
Electrons
Computational Biology
Proteins
Nucleic Acids
Biostatistics