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2019

Interaction of POPC, DPPC, and POPE with the μ opioid receptor: A coarse-grained molecular dynamics study

Angladon, M-A., Fossépré, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 mars 2019, Dans : PLoS ONE. 14, 3, p. e0213646 19 p., e0213646.

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Investigation of Cyclic Ligand Inhibiting CD2-CD58 Interactions Using Molecular Dynamics and Molecular Docking Approaches - COMP579

Vercauteren, D., Leherte, L., Laurent, A. & Jacquemin, D., avr. 2019, Abstracts of the 2557th Annual Meeting and Exposition of the American Chemical Society.

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2018

Applications of Leveling Methods to Properties of Small Molecules and Protein Systems

Leherte, L., 2018, Innovations in Computational Chemistry: Theoretical and Quantum Chemistry at the Dawn of the 21st Century. Carbó-Dorca, R. & Chakraborty, T. (eds.). p. 197-248 51 p.

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Influence of Protein-Solvent Interactions on the Molecular Dynamics of Reduced Point Charge Models of Proteins - COMP5

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2018, Abstracts of the 255th Annual Meeting and Exposition of the American Chemical Society. ACS

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Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor through Multiscale Modelling Approaches - COMP403

Vercauteren, D., Fossepre, M., Leherte, L. & Laaksonen, A., 2018, Abstracts of the 255th Annual Meeting and Exposition of the American Chemical Society. ACS

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Investigating Cyclic Peptides Inhibiting CD2-CD58 Interactions through Molecular Dynamics and Molecular Docking Methods

Leherte, L., Petit, A., Jacquemin, D., Vercauteren, D. & Adèle, L., 1 nov. 2018, Dans : Journal of computer-aided molecular design. 32, 11, p. 1295-1313 19 p.

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Investigation of cyclic ligands inhibiting CD2-CD58 interactions using molecular dynamics and molecular docking approaches

Leherte, L., Petit, A., Jacquemin, D., Vercauteren, D. & Laurent, A., 23 nov. 2018.

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Understanding structure and dynamics of small peptides and proteins through the lens of network science

Fossepre, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D., 2018, Methods and Principles in Medicinal Chemistry series : Biomolecular Simulations in Structure-based Drug Discovery. Gervasio, F. L., Spiwok, V., Mannhold, R., Buschmann, H. & Holenz, J. (eds.). Wiley-VCH

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2017
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2016

Accessing the Free Energy Profile of a Ring Closure in a Proline-Catalyzed Reaction Using a Reactive Force Field

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 1 janv. 2016, Dans : Theoretical Chemistry Accounts. 135, 1, p. 1-10 10 p., 16.

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Comparison of Coarse-Grain and All-Atom Methods for the Study of µ Opioid Receptor

Angladon, M-A., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 26 avr. 2016.

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Multiscale Design of Coarse-Grained Elastic Network-Based Potentials for the μ Opioid Receptor

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 1 sept. 2016, Dans : Journal of Molecular Modeling. 22, 9, 20 p., 227.

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On the Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor through Multiscale Modeling Approaches

Fossepre, M. F., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2016.

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Parameterization of the ReaxFF Reactive Force Field for a Proline-Catalyzed Aldol Reaction

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 4 sept. 2016, Dans : Journal of Computational Chemistry. 37, 29, p. 2564-2572 9 p.

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Reduced point charge models of proteins: Assessment based on molecular dynamics simulations

Leherte, L., 2016, Dans : Molecular Simulation. 42, 4, p. 289-304 16 p.

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2015

Comparison of the effect of membrane lipids on the µ opioid receptor by studying crystallographic, all-atoms and coarse-grained models

Angladon, M-A., Leherte, L. & Vercauteren, D., 21 févr. 2015.

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Design and applications of reduced point charge models of proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D., sept. 2015.

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Design of reduced point charge models for proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D., juin 2015.

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Effect of the membrane rigidity on the conformations of the µ opioid receptor

Angladon, M-A., Leherte, L. & Vercauteren, D., 6 nov. 2015.

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Formation and Structural, Energetic and Dynamic Properties of Cyclodextrin Host Tubes and Included Guest Molecules

Staelens, N., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2015, Dans : Supramolecular Chemistry. 27, p. 90-109 21 p.

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Modeling of structural, energetic, and dynamic properties of few-atom silver clusters embedded in polynucleotide strands by using molecular dynamics

Staelens, N., Leherte, L., Champagne, B. & Vercauteren, D. P., 2 févr. 2015, Dans : ChemPhysChem. 16, 2, p. 360-369 10 p.

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On the Modularity of the Intrinsic Flexibility of the μ Opioid Receptor: A Computational study

Fossépré, M., Leherte, L., Laaksonen, A. & Vercauteren, D. P., 2015, Dans : PLoS ONE. 9, 12, 29 p., e115856.

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2014

Comparison of Reduced Point Charge Models of Proteins: Molecular Dynamics Simulations of Ubiquitin

Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2014, Dans : SCIENCE CHINA Chemistry. 57, 10, p. 1340-1354 15 p.

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Design of reduced point charge models for proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D. P., août 2014, p. COMP 373.

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Effect of the lipidic membrane composition on the dynamical properties of the µ opioid receptor

Angladon, M-A., Fossepre, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 4 avr. 2014.

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Effect of the phosphatidylcholine on the dynamical properties of the µ opioid receptor

Angladon, M-A., Fossepre, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 14 nov. 2014.

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Quantum Mechanical Investigations on the Role of Neutral and Negatively Charged Enamine Intermediates in Organocatalyzed Reactions

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 15 avr. 2014, Dans : Chemical physics. 434, p. 30 - 36 7 p.

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2013

Influence des lipides sur les propriétés dynamiques du récepteur aux opioïdes µ

Angladon, M-A., Fossepre, M., Leherte, L. & Vercauteren, D., 15 nov. 2013.

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2012

Ab initio quantum chemical and ReaxFF-based study of the intramolecular iminium-enamine conversion in a proline-catalyzed reaction

Hubin, P. O., Jacquemin, D., Leherte, L., André, J. M., van Duin, A. C. T. & Vercauteren, D. P., 9 août 2012, Dans : Theoretical Chemistry Accounts. 131, 8, p. 1-11 11 p.

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Design of a reduced point charge model for proteins – Molecular Dynamics applications

Leherte, L. & Vercauteren, D., 10 févr. 2012.

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Quantum Mechanical and ReaxFF-Based Studies of the Intramolecular Investigations on the Iminium-Enamine Conversion in a Proline Catalyzed Reaction

Hubin, P., Jacquemin, D., Leherte, L. & Vercauteren, D. P., 2012, Abstracts of Papers of the American Chemical Society. Vol 243. p. COMP-259

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Smoothed Gaussian Molecular Fields: An Evaluation of Molecular Alignment Problems

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 janv. 2012, Dans : Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling. 131, 8, p. 1259/1-16 16 p.

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2011

Implementation of a Protein Reduced Point Charge Model Toward Molecular Dynamics Applications

Leherte, L. & Vercauteren, D., 17 nov. 2011, Dans : Journal of physical chemistry A. 115, 45, p. 12531-12543 13 p.

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Theoretical Investigation of the Structure of Cyclodextrin Tubules

Staelens, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 2011, Dans : Chimie nouvelle. 107, p. 6-12 7 p.

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2010

Design of a reduced point charge model for proteins

Leherte, L. & Vercauteren, D., juil. 2010.

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Design of a reduced point charge model for proteins: Applications to molecular electrostatic potential and solvation energy calculations

Leherte, L. & Vercauteren, D., déc. 2010.

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Determination of Protein Coarse-Grain Charges from Smoothed Electron Density Distribution Functions and Molecular Electrostatic Potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2010, Handbook of Computational Chemistry Research. Collett, C. T. & Robson, C. D. (eds.). Hauppauge (NY): Nova Science Publishers, Inc., p. 153-191 39 p.

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2009

Coarse Point Charge Models for Proteins from Smoothed Molecular Electrostatic Potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 déc. 2009, Dans : Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 12, p. 3279-3298 20 p.

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Confinement in Molecular Sieves: The Pioneering Physical Concepts

Lucas, A., Derycke, I., Lambin, P., Vigneron, J-P., Leherte, L., Elanany, M., Andre, J-M., Larin, A. & Vercauteren, D., 15 juin 2009, Dans : Journal of Molecular Catalysis A: Chemical. 305, 1-2, p. 16-23 8 p.

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Determination of protein reduced electrostatic models from smoothed molecular electrostatic potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., juil. 2009.

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2008

Can Descriptors of the Electron Density Distribution Help to Distinguish Functional Groups?

Burton, J., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 oct. 2008, Dans : Journal of chemical information and modeling. 48, 10, p. 1974-1983 10 p.

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Collective Motions in Protein Structures: Applications of Elastic Network Models Built from Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 1 juil. 2008, Dans : Computer physics communications. 179, p. 171-180 10 p.

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Collective Motions of Rigid Fragments in Protein Structures from Smoothed Electron Density Distributions

Leherte, L. & Vercauteren, D., 15 juil. 2008, Dans : Journal of Computational Chemistry. 29, 9, p. 1472-1489 18 p.

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Determination of protein coarse-grain charges from smoothed molecular electrostatic potentials

Leherte, L. & Vercauteren, D., 2008.

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Protein-Protein Docking Using Three-Dimensional Reduced Representations and Based on a Genetic Algorithm

Becue, A., Meurice, N., Leherte, L. & Vercauteren, D., 2008, Models, Mysteries, and Magic of Molecules. Boeyens, J. C. A. & Ogilvie, J. F. (eds.). Guildford: Springer, p. 301-323 23 p.

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