Vers une reconstruction de haut niveau des pipelines biologiques

  • Guyssel NINDJEU NANGMO
  • Florent SNICKERS

Student thesis: Master typesMaster in Computer Science Professional focus in Data Science

Abstract

Le typage érythrocytaire consiste à identifier l’ensemble des antigènes des globules rouges d’un individu. Il représente un enjeu majeur de compatibilité lors des transfu- sions sanguines. Aujourd’hui, ce sont des méthodes antigéniques qui sont utilisées. Une nouvelle approche consiste à utiliser une méthode par séquençage ADN. Elle permet d’obtenir des informations plus précises et plus personnalisées pour identifier les anti- gènes des globules rouges. L’objectif de ce mémoire est d’adapter un pipeline existant d’analyse de données issus d’un séquençage ADN pour le typage erythrocytaire. La question est par conséquent : "Comment adapter un pipeline de séquençage pour iden- tifier le profil érythrocytaire d’individus ?". Celle-ci a été explorée à travers trois étapes différentes. La première est le développement d’un outil de conception d’amorces qui augmente la qualité des échantillons de séquençage grâce à un pré-traitement. Ensuite, il s’agit d’une modification de l’étape d’alignement suivi d’un ajout d’une étape d’analyse propre au typage érythrocytaire. Ces deux dernières étapes ont directement été intégrées dans le pipeline commencé par l’équipe du Laboratoire de Biologie Clinique du CHU UCL Namur. Dans un but d’optimisation de l’exécution et pour faciliter la reproducti- bilité des analyses, celui-ci s’est vu automatisé grâce à des outils de gestion de flux de travail et de conteneurisation. L’outil de conception d’amorces a été utilisé avec suc- cès par les laborantins du CHU et peut être utilisé pour la construction d’amorces pour d’autres analyses par séquençage.
Date of Award22 Jun 2022
Original languageFrench
Awarding Institution
  • University of Namur
SupervisorJean-Marie JACQUET (Supervisor)

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