Etude théorique de l'auto-assemblage de récepteurs opioïdes par des méthodes hybrides afin d’élaborer des ligands bitopiques

Project: Research

Description

Durant notre projet de thèse de doctorat, nous proposons d'utiliser des
techniques de dynamique moléculaire (DM), d'analyse en modes normaux
(AMN) et d'analyse en composantes principales (ACP) pour étudier l'auto-
assemblage des récepteurs opioïdes (OR) δOR-δOR et μOR-μOR et de
l'hétérodimère μOR-δOR. Pour cela, nous utiliserons le champ de forces
MARTINI (FF) adapté aux simulations gros-grains pour obtenir les
conformations des récepteurs dimérisés. L'AMN et l'ACP nous permettront
d'affiner les conformations obtenues par les simulations de DM, ou de les
compléter. A partir de ces résultats, nous voulons ensuite analyser les
surfaces d'interaction entre les différents monomères et suivre le protocole
de fine-graining permettant d'obtenir une représentation tout-atomes de
cette surface. Enfin, nous souhaitons utiliser les modèles obtenus pour
élaborer des ligands visant simultanément plusieurs cibles biologique, i.e,
des ligands bitopiques présentant l'avantage de combiner une haute affinité
(par les sites orthostériques) à une haute sélectivité (par les sites
allostériques). Nous proposerons et optimaliserons par ancrage moléculaire
(docking) des ligands ciblant les sites orthostériques et/ou allostériques des
unités monomériques. Finalement, les ligands les plus intéressants seront
reliés via un fragment moléculaire de liaison pour agir simultanément sur les
sites orthostériques et/ou allostériques des unités dimériques.
StatusFinished
Effective start/end date1/10/151/10/17

Attachment to an Research Institute in UNAMUR

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