Development of multi resolutions coarse-grained models of a POPC lipid bilayer and analysis of their dynamics

Afin d'améliorer notre compréhension du récepteur opioïde μ (μOR), nous désirons
développer un model gros-grains de μOR au sein de la bicouche lipidique. μOR appartient à la
famille des Récepteurs Couplés aux Protéines G (RCPGs), des protéines membranaires
impliquées dans un grand nombre de fonctions essentielles comme le contrôle de la douleur,
dans le cas de μOR. La bicouche lipidique a une influence significative sur ces protéines
transmembranaires. Afin de mieux comprendre cette influence, nous nous sommes concentrés
sur le développement d'un protocole gros-grains original pour représenter la membrane. Nous
avons choisi de modéliser une membrane pure composée de phosphatidylcholine afin de
développer notre propre protocole gros-grains basé sur la forme du système, avec comme
avantages d'être simple à implémenter et à paramétriser, le champ de forces n'étant basé que
sur les constantes de forces de liaisons et d'angles. Nous présentons des modèles gros-grains
à 3 résolutions différentes d'une membrane comportant 207 lipides, représentée par 207, 138 et
103 grains. Ces modèles ont été paramétrisés par une constante de forces de liaison uniforme
ou spécifique aux grains avant la simulation de dynamique moléculaire, afin d'obtenir les
meilleurs paramètres. Ils serviront ensuite pour des temps de simulations de l'ordre de la
microseconde, et comme point de départ pour adapter notre protocole à d'autres types de
lipides. Dans cette thèse de Master, nous nous concentrons essentiellement sur le modèle
comportant 207 grains, ayant donné les meilleurs résultats.